Κάτω από την Αγία Σοφία απλώνεται ένας άγνωστος υπόγειος κόσμος με στοές, περάσματα και υδάτινες διαδρομές που ανάγονται στους βυζαντινούς χρόνους. Οι εργασίες που βρίσκονται σε εξέλιξη φέρνουν σταδιακά στο φως ένα δίκτυο το οποίο, σύμφωνα με τις τουρκικές αρχές, ενδέχεται να εκτείνεται σε μήκος έως και εννέα χιλιομέτρων.
Την ύπαρξη του εκτεταμένου συστήματος επιβεβαίωσε ο Τούρκος υπουργός Πολιτισμού και Τουρισμού Μεχμέτ Νουρί Ερσόι, αναφέροντας ότι συνεργεία καθαρίζουν και αποκαθιστούν σήμερα τα τμήματα στα οποία είναι δυνατή η πρόσβαση. Σε αρκετά σημεία η διέλευση παραμένει αδύνατη εξαιτίας καταρρεύσεων, λάσπης και συσσωρευμένων υλικών.
Η ιστορία των υπόγειων κατασκευών φτάνει περίπου 1.600 χρόνια πίσω, ενώ ορισμένα στοιχεία στην περιοχή προϋπάρχουν ακόμη και του σημερινού ναού, ο οποίος ανεγέρθηκε επί Ιουστινιανού μεταξύ 532 και 537. Έρευνες με τρισδιάστατη χαρτογράφηση έχουν καταγράψει στοές και αγωγούς νερού διαφορετικών περιόδων, αποκαλύπτοντας ότι το σύστημα μεταβαλλόταν και επεκτεινόταν μέσα στους αιώνες.
Ένα σημαντικό μέρος αυτού του υπόγειου κόσμου είχε πρακτική λειτουργία. Αγωγοί μετέφεραν νερό, ενώ άλλες κατασκευές εξυπηρετούσαν τον αερισμό και τις ανάγκες του τεράστιου οικοδομικού συγκροτήματος. Σε υπόγειο χώρο έχουν εντοπιστεί επτά διαφορετικοί αγωγοί, στοιχείο που δείχνει τις διαδοχικές παρεμβάσεις που πραγματοποιήθηκαν σε διαφορετικές ιστορικές περιόδους.
Ιδιαίτερο ενδιαφέρον προκαλούν οι αναφορές για διαδρομές προς την περιοχή του Μεγάλου Παλατιού, του Βυζαντινού Ιπποδρόμου και του σημερινού Τοπ Καπί. Ωστόσο, η ακριβής έκταση και η μεταξύ τους σύνδεση δεν έχουν ακόμη τεκμηριωθεί στο σύνολό τους. Η ύπαρξη ενός ευρύτερου δικτύου κάτω από την ιστορική χερσόνησο είναι γνωστή, όμως μέρος των ιστοριών για μυστικές διόδους εξακολουθεί να βρίσκεται μεταξύ αρχαιολογικής έρευνας και παράδοσης.
Οι εργασίες κάτω από τον παλαιό περίβολο της Αγίας Σοφίας έχουν ήδη αποκαλύψει άγνωστους μέχρι σήμερα χώρους και συνδέσεις. Η απομάκρυνση των υλικών επιτρέπει στους ειδικούς να καταγράφουν με μεγαλύτερη ακρίβεια τις κατασκευαστικές φάσεις και να σχηματίζουν σταδιακά μια πληρέστερη εικόνα για όσα βρίσκονται κάτω από το μνημείο.
Παράλληλα βρίσκεται σε εξέλιξη ένα ευρύ πρόγραμμα αποκατάστασης και στατικής ενίσχυσης της Αγίας Σοφίας, που περιλαμβάνει τον κεντρικό τρούλο, τα ψηφιδωτά και άλλα τμήματα του κτιρίου. Οι τουρκικές αρχές εξετάζουν το ενδεχόμενο, μετά την ολοκλήρωση των απαραίτητων εργασιών, ασφαλή σημεία του υπόγειου δικτύου να γίνουν προσβάσιμα στους επισκέπτες.
Για ένα μνημείο που αποτελεί κορυφαίο δημιούργημα του Βυζαντίου και συνδέθηκε επί αιώνες με την ιστορία της Κωνσταντινούπολης και της Ορθοδοξίας, όσα αποκαλύπτονται κάτω από το έδαφος ανοίγουν ένα νέο κεφάλαιο στην έρευνα της Αγίας Σοφίας. Έναν κόσμο που παρέμενε κρυμμένος για αιώνες και τώρα αρχίζει να χαρτογραφείται με συστηματικό τρόπο.